Mentre il mare sottostante la costa a falesia è caratterizzato da importanti praterie sottomarine di posidonia (Posidonia oceanica), la Baia di Porto Ferro presenta un fondale a tratti sabbioso a tratti roccioso. La Posidonia oceanica, pianta endemica del Mediterraneo e bioindicatore della qualità delle acque marine costiere, occupa le coste prevalentemente sabbiose sino a 40 m di profondità. Le praterie di posidonia, pur ricoprendo solo lo 0,2% dei fondali mediterranei, svolgono importanti funzioni ecologiche: sono un luogo di riproduzione per numerose specie di animali marini, in cui trovano cibo e rifugio. Inoltre stabilizzano i fondali marini mobili, grazie all'azione del loro apparato radicale. In autunno-inverno la pianta, pur non rimanendo mai spoglia, perde le foglie che, trasportate dalle mareggiate e in seguito accumulate in prossimità della linea di battigia, smorzano l’azione del moto ondoso sulla spiaggia rallentando di conseguenza l’erosione costiera.

Le acque di mare poco profonde comprese nella Z.S.C. rendono facilmente osservabile il basso fondale con attività di snorkeling, apnea e immersioni subacquee ricreative.

Tra le specie protette osservabili nella prateria di posidonia e sui fondali sabbiosi possiamo trovare la nacchera di mare (Pinna nobilis) il mollusco bivalve di maggiori dimensioni del Mediterraneo e il cavalluccio marino (Hippocampus guttulatus).