La flora acquatica sommersa è rappresentata prevalentemente da piante con radici, come il Potamogeton pectinatus (Brasca delle lagune) mentre, quella che caratterizza l'area litoranea emersa è costituita da una bordura di cannuccia palustre (Phragmites australis), giunco pungente (Juncus acutus), tifa (Typha angustifolia) ed enula (Inula viscosa) e da una serie di anelli concentrici di tamerici (Tamarix africana) di altezze diverse, che testimoniano la variazione del livello dell’acqua del lago nel corso degli anni.

Nel Lago di Baratz, il fitoplancton, cioè la componente vegetale che vive in sospensione nelle acque e viene trasportata passivamente dalle correnti, ha caratteristiche peculiari che differenziano chiaramente l'unico ambiente lentico naturale dell'Isola da quello presente in tutti gli altri laghi artificiali sardi. In particolare, la presenza del Prymnesium parvum, una microscopica alga potenzialmente ittiotossica, ha verosimilmente responsabilità per l'assenza di una stabile fauna ittica nel lago stesso.